由于純水的活度高,極易溶解氣體,吸收空氣中的二氧化碳,所以超純水設備必須嚴格密封或充氮保護。如采用不銹鋼管輸送,內表面要經酸洗,盡量縮短輸送距離,同時要經常殺菌防止微生物污染。新設備運轉前要對整個系統進行滅菌,用活性炭和陽離子交換樹脂在溫度105℃下,滅菌30-60min,或將樹脂轉變為鈉型后再用0.5%NaCIO溶液浸1-3h。一般一個月滅菌一次,對制藥工業每周滅菌一次。